在防水施工中，结构胶不能代替玻璃胶。

这主要是因为两者在密封性上存在显著的差别。玻璃胶拥有良好的密封性，通常会用在密封要求高的区域，如玻璃、窗框之间的密封，以及两块或多块玻璃连接时的密封等。而结构胶虽然黏性强，可以承受较大的拉伸和剪切力，但其密封性一般，不如玻璃胶。因此，如果用结构胶代替玻璃胶，就无法保证材料的密封效果。

此外，玻璃胶和结构胶在用途、成分、硬度、固化时间等方面也存在差异。玻璃胶主要用于玻璃、陶瓷、金属等材料的粘接，具有透明度高、耐水、耐候性好等特点；而结构胶则主要用于建筑、汽车、航空等领域的结构粘接，具有强度高、耐久性好等特点。

综上所述，在防水施工中，应根据具体需求和材料的特性选择合适的胶粘剂，以确保施工质量和防水效果。